COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.705017
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.720655
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.705472
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.690198
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.304922 2.673129
2020-09-21 17:00:00 3.384052 2.249438 2.660072
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.666151

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 2.106602
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.235226
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.253247
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 2.212160
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.213792
2020-09-21 17:00:00 2.953240 1.838611 2.207890
2020-09-20 17:00:00 NaN 0.000000 2.248710

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 1.862919
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.745940
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.645767
2020-09-23 17:00:00 2.998236 2.998236 1.549902
2020-09-22 17:00:00 2.426343 2.426343 1.457236
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.176367 1.325809
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 1.227082

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.894251
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.952937
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 0.973158
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.003701
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.006517
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.680272 1.013040
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.024658

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.064655
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 3.955606
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 3.832340
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.771506
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.027363 3.719746
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.584673
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.507511

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.474537
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.518008
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.314977 2.535813
2020-09-23 17:00:00 1.887850 1.887850 2.545506
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.823795 2.600253
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.814168 2.633866
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.681752

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.778866 3.778866 2.789174
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.835400
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.810411
2020-09-23 17:00:00 3.580402 2.072864 2.764390
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.751662
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 2.710830
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 2.767564

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.613678
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.572734
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.537898
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.487825
2020-09-22 17:00:00 3.299598 3.299598 2.432548
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.395652
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.336048

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.223695
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.075871
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 5.939617
2020-09-23 17:00:00 5.572755 7.228916 5.818588
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.735644
2020-09-21 17:00:00 9.275362 4.426003 5.614348
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.526429

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.808041
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.820882
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.835933
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.816937
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.787106
2020-09-21 17:00:00 1.344287 1.718381 1.792382
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.828326

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.947648
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.971533
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 3.026087
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.130062
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.119685
2020-09-21 17:00:00 4.047619 2.050663 3.082076
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.144153

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.141282
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.131369
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.110106
2020-09-23 17:00:00 0.584795 0.937500 1.116390
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.088218
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.626016 1.101625
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.089365

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.333065
2020-09-25 17:00:00 4.805915 2.402957 3.233337
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.106809
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 3.011623
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 3.004818
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.925676
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.974932

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 5.156724 2.325581 3.264386
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.323659
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.342540
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.403791
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.491025
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.931624 3.613068
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.846154 3.616414

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.409589
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.523118
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.506738
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.571038
2020-09-22 17:00:00 9.061489 9.061489 3.575276
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.590420
2020-09-20 17:00:00 2.391410 2.391410 3.575149

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 2.830805
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 2.858595
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.840784
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 2.920463
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 2.951131
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.182711 2.967533
2020-09-20 17:00:00 3.144654 1.979414 3.039549

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.709736
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.775540
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.772345
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.704445
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.662012
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 3.688124
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.672265

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.105720
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.071881
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.065304
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.036521
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.016464
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.035822
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.024973

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.584268
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.518692
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.488057
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.441565
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.387854
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.304825
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.247651

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.571721
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.544527
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.526029
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.486613
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.650357 2.462126
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.258727 2.398872
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.475503 2.377317

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 3.460660
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.705697
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 3.523779
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 3.365580
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 3.283755
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 3.347402
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 3.252239

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.934459
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.931403
2020-09-24 17:00:00 4.789494 4.789494 3.856638
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.825236
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.785411
2020-09-21 17:00:00 5.181087 5.181087 3.649075
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.603977

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.889020 1.889020 2.106602
Basilicata 3.012048 3.012048 1.862919
Calabria 0.850340 0.850340 0.894251
Campania 5.226016 5.226016 4.064655
Emilia-Romagna 2.085088 2.085088 2.474537
Friuli Venezia Giulia 3.778866 3.778866 2.789174
Lazio 3.020690 3.020690 2.613678
Liguria 6.198083 6.198083 6.223695
Lombardia 2.084860 2.084860 1.808041
Marche 2.786710 2.786710 2.947648
Molise 1.366120 1.366120 1.141282
P.A. Bolzano 4.166667 4.166667 3.333065
P.A. Trento 5.156724 2.325581 3.264386
Piemonte 3.160071 3.160071 3.409589
Puglia 1.825994 1.825994 2.830805
Sardegna 4.020421 4.020421 3.709736
Sicilia 2.598016 2.598016 3.105720
Toscana 2.505124 2.505124 2.584268
Umbria 3.225806 3.225806 2.571721
Valle d'Aosta 10.000000 10.000000 3.460660
Veneto 3.913043 3.913043 3.934459
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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